办公室（财务科）
协调处理机关日常政务工作，督促检查机关工作制度的落实；负责会议组织和决定事项的督办；负责人大建议、政协提案的办理工作；负责文秘与公文管理、综合性文件及重要报告的起草、新闻发布、政务信息、机要、保密、档案、信访、接待、保卫等行政事务工作；组织建立业务信息系统，承担统计、综合信息管理和行政后勤工作；规划局机关和各分局的基本建设，管理财务工作和国有资产；管理行政事业性收费和罚没收入，实行收支两条线；监督检查药品管理行政处罚，负责行政执法监督和听证工作，承担行政复议和行政诉讼等工作；负责食品药品监督管理法律法规的宣传教育；配合政府有关部门贯彻实施国家有关产业政策；负责全市食品药品监督管理系统的普法教育工作。
人事教育科
承担局机关、分局及直属事业单位的干部人事、劳动工资、专业技术职称及离退休干部工作；承办分局和直属单位领导班子和领导干部的考察、培养、选拔、交流、任免等具体工作；组织实施局机关、分局和直属单位目标责任制及考核、奖惩工作；编制干部职工教育培训和人才开发计划并组织实施。
食品安全科
组织本辖区有关部门研究起草食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督工作规划并监督实施；依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责，组织协调本辖区有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作；组织协调有关部门健全食品、保健品、化妆品安全事故报告系统，依法组织开展对食品、保健品、化妆品安全事故的查处；根据政府授权，组织协调开展本地区食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；承担保健用品监督及市场管理等相关职能；组织协调和配合有关部门开展食品、保健品、化妆品安全事故应急救援工作；会同有关部门制定本辖区食品、保健品、化妆品安全监督管理信息发布办法并监督实施，综合有关部门的食品、保健品、化妆品安全信息并定期向社会发布。
药品安全监管科
协助省局监督执行药品的国家标准，监督实施药品生产质量、中药材生产质量和医疗机构药剂管理规范；监督实施药品非临床研究质量、临床研究质量管理规范；负责药品不良反应监测；组织实施生产企业处方药与非处方药分类管理制度；负责麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品和特种药械的监督管理。
药品市场监督科
实施组织药品经营质量管理规范；负责经营企业药品分类管理制度的推行；监督实施药品流通领域处方药、非处方药、中药材、中药饮片购销规则；监督检定、抽验药品生产、经营及医疗机构的药品质量；负责药品零售企业资格核准、许可证管理工作。
医疗器械科
监督执行医疗器械产品的国家和行业标准；负责卫生材料、制药机械、医药包装材料、药用中间体和辅料等的监督管理；负责开办医疗器械生产、经营企业资格审核；监督、抽验医疗器械生产、经营和医疗机构的医疗器械质量；负责医疗器械质量体系认证的审核；根据法律法规规定的权限核发医疗器械产品注册证。
纪检监察室
（1）检查本局及所属分局、市药检所、党组织、党员领导干部贯彻执行党的路线、方针、政策和决议的情况，对党组织及其成员和其他党员领导干部实行党章规定范围内的监督。
（2）对本局及县分局行政机关及其国家公务员、行政机关任命的其他人员遵守和执行法律、法规和政府决定，命令实施行政监察。
（3）受理对本系统党的组织、党员违反党的纪律和行政机关及其国家公务员，行政机关任命的其人员违反行政纪律的控告、检举。
（4）立案调查本级管理的党组织、党员违反党章、党的纪律和行政监察对象违反行政纪律的案件以及所属系统的重要违纪案件，并按照党章和《行政监察法》规定的权限，提出处理建议或做出处理决定；
（5）受理党员、被监察人员不服党纪处分、行政处分的申诉；
（6）对党员、干部进行党纪政纪和法律教育，做出维护纪律的决定；
（7）协助党组抓好党风廉政建设责任制，加强制度、体制、机制建设；
（8）依照党和国家的有关法律、法规和政策规定，保护检查监察对象依法行使职权，对忠于职守 、廉洁奉公，敢于同违法违纪行为做斗争的单位和个人，提出表彰和奖励建议；
（9）其他应由纪检监察机关履行的职责。
稽查科（药品稽查大队）
对药品、医疗器械生产、经营企业和医疗单位的药品、医疗器械质量进行监督、检查；负责对举报或上级布置查处的案件进行调查处理；打击制售假劣药品、医疗器械的违法行为；指导县级分局药品和医疗器械及市场稽查工作。
纪检监察机构、机关党组织按有关规定设置。
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